De overheid controleert de kwaliteit van de geneesmiddelen zowel vóór als ná registratie. Tijdens het registratieproces worden de kwaliteitseisen vastgelegd waaraan de grondstoffen, de productieprocessen en het eindproduct moeten voldoen.
De grondstofleveranciers en de eindproductfabrikant dienen te verklaren dat er gewerkt wordt volgens Good Manufacturing Practice (GMP (Good Manufacturing Practice)). Deze verklaring is gekoppeld aan wetgeving op het gebied van algemene werkwijzen in de farmaceutische industrie. Of deze verklaring overeenkomt met de werkelijkheid wordt in Nederland getoetst door de Inspectie Gezondheidszorg en Jeugd (IGJ (Inspectie Gezondheidszorg en Jeugd)).
Inspecties kunnen zowel vóór als ná registratie plaatsvinden en zijn daarom niet altijd gekoppeld aan een registratiedossier. De Europese Farmacopee vergemakkelijkt de taak van de inspecteurs door het beschikbaar maken van wettelijk geldende methoden. Uitgangspunt voor de inspectie is, waar mogelijk, de controle op uitvoering van de methoden en eisen van de Europese Farmacopee. Omdat daarmee gericht gecontroleerd kan worden, kan de benodigde (kostbare) inspectietijd worden verkort.