Of medicijnen een schadelijk effect kunnen hebben op een organisme of ecosysteem hangt af van de gevoeligheid van het organisme/ecosysteem en de eigenschappen van de stof. Samen met de hoogte en duur van de blootstelling bepalen zij de ernst van de effecten. Bij lage concentraties medicijnresten in het milieu zijn effecten, zoals een verandering van soorten in een ecosysteem, soms niet direct zichtbaar. Bij hoge concentraties kunnen ook zichtbare effecten optreden, zoals sterfte. Als de blootstelling van korte duur is en organismen zich voldoende kunnen herstellen, dan ondervindt het ecosysteem op de lange termijn geen schade.
Een risicogrens geeft de maximale veilige concentratie weer. Onder deze grens is er geen sprake van onaanvaardbare effecten. De risicogrens is gebaseerd op de gevoeligheid van een ecosysteem voor langdurige blootstelling aan een specifieke stof. Risicogrenzen voor medicijnresten in het milieu kunnen worden afgeleid voor oppervlaktewater, bodem, grondwater, en sediment. Bij overschrijding van de risicogrens kunnen schadelijke effecten optreden. Meer informatie hierover staat in het infoblad ‘nut en noodzaak van normen voor medicijnresten in water’.