Susana Fuentes (1976) is deskundige op het gebied van het microbioom. Sinds 2016 is ze werkzaam bij het RIVM, waar ze zich toelegt op het vertalen van fundamenteel microbioomonderzoek naar toepassingen voor de volksgezondheid. Ze combineert het gebruik van mechanistische modellen en klinische studies bij mensen om inzicht op te doen in de complexe interacties die dit met zich meebrengt.
De impact van die interne wereld, het microbioom, op onze gezondheid heb ik altijd fascinerend gevonden. Microbioomtherapieën kunnen een revolutie teweegbrengen in de volksgezondheid en de gezondheidszorg, zowel bij individuele behandelingen als bij meer algemene ziektepreventiemaatregelen. Beter inzicht in dit ecosysteem en diens wisselwerking met de gastheer is van fundamenteel belang bij het vertalen van microbioomonderzoek naar de klinische praktijk..
Achtergrond
Susana Fuentes is microbioloog. Ze is in 1999 afgestudeerd als apotheker aan de universiteit van Granada in Spanje, waar ze in 2005 haar PhD (Doctor of Philosophy) haalde in de moleculaire microbiële ecologie. Ze promoveerde met haar onderzoek naar de microbiële ecologie van de gastro-intestinale microbiota bij muizen en het effect daarvan binnen verschillende modellen voor immunosuppressie en inflammatoire darmaandoeningen. Vervolgens trad ze in dienst bij Wageningen University (WUR (Wageningen University & Research)), waar ze als postdoctoraal onderzoeker kwam te werken in het Laboratorium voor Microbiologie en de Host-Microbe Interactomics-groep. Haar onderzoeksinteresse lag bij de klinische aspecten en toepassingen van gastro-intestinale microbiota. Het ging daarbij onder meer om brede populaties, van baby’s tot ouderen, en onderwerpen die varieerden van kenmerken van vaccinrespons of de effecten van antibioticumkuren tot transplantatie van het fecaal microbioom voor de behandeling van recidiverende infecties met Clostridioides difficile en de darmziekte IBD. In 2016 maakte ze een start met het microbioomonderzoek bij het Centrum Immunologie van Infectieziekten en Vaccins (IIV (Immunologie van Infectieziekten en Vaccins)) van het RIVM.
Expertise
- Microbiële ecologie
- Menselijk microbioom
- Interacties tussen gastheer en bacteriën
- Datawetenschap
Susana geeft leiding aan de groep Microbioom en Immunologie en werkt aan de volgende projecten:
Het darmmicrobioom van de Nederlandse bevolking
Wat bepaalt een ‘gezond’ microbioom? Hoe is het door de eeuwen heen gesteld geweest met het microbioom van de Nederlandse bevolking? Wat is het verband tussen het microbioom en individuele eigenschappen of levensstijl? Wat is de invloed van ons microbioom op het immuunsysteem?
Het microbioom, infecties en vaccinatie
Kunnen we binnen het microbioom biomarkers identificeren die in verband zijn te brengen met infecties en verschillende vaccinaties? Kunnen we door modulatie van het microbioom de vaccinrespons verbeteren en onze weerstand verhogen? We richten ons vooral op kwetsbare bevolkingsgroepen, zoals kinderen en ouderen.
Modelleren van interacties tussen gastheer en bacteriën
Kunnen we een microbioom met modulerende effecten op de gastheer nabootsen? Hoe vertalen we die naar onderzoeken bij dieren en mensen, als het gaat om infectie en vaccinatie? We onderzoeken de immuunreacties van de gastheer in in-vitrosystemen met verschillende niveaus van complexiteit.
Hulpmiddelen bij microbioomonderzoek
We zijn voortdurend bezig de allernieuwste methoden voor microbioomonderzoek te beproeven en te verbeteren door middel van amplicon sequencing of metagenomische sequentieanalyse.
Teamleden
- Jolanda Kool (Research Technician)
- Nening Nanlohy (Research Technician)
- Harry van Dijken (Research Technician)David Boverhoff (PhD-student)
- Prokopis Konstanti (Postdoctoral researcher)
- Stephan Sie (internship)
Ex-leden
- Sudarshan Shetty, PhD
Contact
E-mail: info@rivm.nl
Geselecteerde publicaties
- Reducing bias in microbiome research: Comparing methods from sample collection to sequencing. Jolanda Kool, Liza Tymchenko, Sudarshan A. Shetty en Susana Fuentes. Frontiers in Microbiology, 30 maart 2023. Volume 14 – 2023.
- Mode of delivery modulates the intestinal microbiota and impacts the response to vaccination. Emma M. de Koff, Debbie van Baarle, Marlies A. van Houten, Marta Reyman, Guy A. M. Berbers, Femke van den Ham, Mei Ling J. N. Chu, Elisabeth A. M. Sanders, Debby Bogaert & Susana Fuentes. Nature Communications volume 13, artikelnummer: 6638 (2022).
- Associations and recovery dynamics of the nasopharyngeal microbiota during influenza-like illness in the aging population. Shetty SA, van Beek J, Bijvank E, Groot J, Kuiling S, Bosch T, van Baarle D, Fuentes S. Scientific Reports (2022) DOI: 10.1038/s41598-022-05618-9.
- Associations of faecal microbiota with influenza-like illness in participants aged 60 years or older: an observational study. S. Fuentes, G. den Hartog, NM Nanlohy, L. Wijnands, JA Ferreira, MA Nicolaie, JL A Pennings, R. Jacobi, J. de Wit, J. van Beek, D. van Baarle. The Lancet Healthy Longevity (2021). DOI: 10.1016/S2666-7568(20)30034-9.
- Some comments on certain statistical aspects of the study of the microbiome. Ferreira JA, Fuentes S. Briefings in Bioinformatics (2020) DOI: 10.1093/bib/bbz077.
- Impact of delivery mode-associated gut microbiota dynamics on health in the first year of life. Reyman M, van Houten MA, van Baarle D, Bosch AATM, Man WH, Chu MLJN, Arp K, Watson RL (richtlijn), Sanders EAM (Environmental Assessment Module), Fuentes S, Bogaert D. Nature Communications (2019) DOI: 10.1038/s41467-019-13014-7.