Bij het maken van een benefit-risk afweging voor voedingsstoffen en voedingsmiddelen is een aantal kanttekeningen te plaatsen, waarvan er hier enkele worden genoemd:

  • Overtuigend bewijs voor een gezondheidseffect is niet altijd beschikbaar. Bijvoorbeeld omdat er (klinische) studies worden uitgevoerd waarin het effect van voedingsstoffen of voedingsmiddelen op intermediaire maten bestudeerd wordt en niet op gezondheidseindpunten zoals ziekte en sterfte. Of omdat er een vertaalslag vanuit dierstudies gemaakt moet worden. Of omdat er simpelweg te weinig studies (van hoge kwaliteit) beschikbaar zijn.
  • Soms zijn geen recente inname-gegevens bekend voor de totale populatie, bijvoorbeeld in het geval van toegevoegd suiker en zoetstoffen. 
  • Soms zijn de gevonden gezondheidseffecten moeilijk terug te voeren op een specifiek product maar eerder op het totale voedingspatroon. De gezondheidswinst is dan moeilijk te kwantificeren. Dit is bijvoorbeeld het geval bij gebruik van producten verrijkt met linolzuur en producten verrijkt met voedingsvezels.
  • Sommige gunstige effecten gelden slechts voor een specifieke subgroep en zijn voor de totale bevolking niet relevant of mogelijk zelfs ongunstig, bijvoorbeeld plantensterolen bij mensen met een verhoogd cholesterolgehalte; Omgekeerd geldt hetzelfde, bijvoorbeeld in het geval van vitamine, dat met name voor het ongeboren kind ongunstige effecten heeft.